El Laboratorio de Aguas de Unisangil, adscrito al programa de Ingeniería Ambiental de la Facultad de Ciencias Naturales e Ingeniería, se creó en el año 2010 para apoyar procesos académicos, de investigación y extensión de la Institución y para ofrecer soluciones a las necesidades de análisis y control de calidad del agua y de los riesgos potenciales de uso en las comunidades del área de influencia, fundamentales para mejorar las condiciones de calidad de vida

Mediante Resolución 4353 del 23 de octubre de 2013, el Ministerio de Salud y de la Protección Social autoriza al Laboratorio de Aguas de Unisangil la realización de análisis físicos, químicos y microbiológicos, de conformidad con el Artículo 27 del Decreto 1575 de 2007, que establece el sistema para la protección y control de la calidad de agua para el consumo humano. El Laboratorio está autorizado legalmente para realizar análisis a la matriz de agua potable en parámetros fisicoquímicos como: pH, turbiedad, conductividad, color, dureza total, dureza cálcica, alcalinidad, sulfatos, hierro, cloruros, aluminio, cromo, carbono orgánico total, trihalometanos; y en parámetros microbiológicos como: coliformes totales, E. Coli y mesófilos aerobios.

De esta manera, el Laboratorio de Aguas se convierte en un espacio para las prácticas educativas e investigativas de los programas de Ingeniería Ambiental e Ingeniería Agrícola, que tienen el manejo del recurso hídrico como una base de formación. Así mismo, posibilita la prestación de servicios, a entidades gubernamentales y empresas privadas, relacionados con el análisis y control de calidad de agua para consumo humano y doméstico en sistemas de acueducto para aguas superficiales y aguas residuales domésticas e industriales.